El Garona nace en el Pirineo español y discurre principalmente por territorio francés, donde recibe las aguas de sus principales afluentes – Neste, Salat, Ariège, Tarn y Lot –, hasta desembocar en el Atlántico. Allí forma junto al río Dordogne el estuario de la Gironde; esos 625 kilómetros cuadrados en los que se unen aguas dulces y saladas forman un rico ecosistema, hábitat de especies como el esturión, la gamba blanca, el cabuxino, y constituyen un lugar de paso y nidificación para muchas aves, entre otras las garzas reales, los cormoranes y las gaviotas reidoras. También nadan sábalos, salmones, lampreas, truchas de mar, anguilas y otras especies migratorias.

 Uno de sus fenómenos característicos es el llamado “bouchon vaseux”, una masa turbia de partículas arcillosas en suspensión que se forma cuando el agua salada impide el flujo de los sedimentos río abajo en la zona de Burdeos.

Su caudal se nutre en buena parte de los Pirineos y del Macizo central francés y alcanza los 700 metros cúbicos por segundo de media anual en Bec d’Ambès (desembocadura). Este caudal permite que las embarcaciones de gran tamaño pueden navegar por el río hasta el puerto de Burdeos. En el siglo XIX se construyó además un canal navegable paralelo al río que une Toulouse y Burdeos, prolongación del Canal de Midi. Entre ambos enlazan el Mediterráneo y el Atlántico.